尼奥意识被困于“母体”与现实之间的黑暗地带，墨菲斯与崔妮蒂不惜血战救他归来。与此同时，电子乌贼大军对锡安发动毁灭性攻击，人类机甲部队拼死抵抗。尼奥与崔妮蒂孤注一掷闯入机器城，与机器大帝达成协议——以摧毁不受控制的史密斯换取锡安和平。最终，尼奥与史密斯在“母体”中展开决定人类命运的最后对决。
TMDB评分：6.8(10991人评价)
分类：冒险/动作/惊悚/科幻
片长：129分钟
上映：2003-11-05
制片地：United States of America
导演：拉娜·沃卓斯基/莉莉·沃卓斯基
主演：基努·里维斯/劳伦斯·菲什伯恩/凯瑞-安·莫斯/雨果·维文/贾达·萍克特·史密斯
在前一部中，尼奥没有能从摧毁内部“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯和崔妮蒂等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下，找到了“火车人”的控制者梅罗纹加，经过一番激斗，将尼奥救了出来。此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕。尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。
